开幕式之后，研讨会进入主旨报告阶段。主旨报告由北京大学日语系学术委员会主任赵华敏教授主持，北京大学日本文化研究所所长、日语系主任金勋教授作了题为《东亚文明的崛起——兼谈东亚文明认识的若干问题》的特别报告。日本立教大学小峯和明名誉教授作《东亚的伊索寓言——围绕东西文学交流》、复旦大学葛兆光教授作《中日佛教面对现代世界的不同态度——从1893年芝加哥万国宗教大会说起》、日本国立国语研究所野田尚史教授作『言語によるコミュニケーションの違いと日本語教育』主旨演讲。
6月2日下午至3日上午，研讨会进行了分科会议，共分为语言、文学、文化三个分科会。在文化分科会，中华日本哲学会会长王青研究员作了题为《井上圆了对近代中国佛教改革理论的影响——以“人间佛教”创始人太虚为例》的发表，认为作为近代中国佛教领袖的太虚与近代日本的佛教哲学家井上圆了在大乘佛教护国济世、改革传统佛教、佛教必须是建立在近代哲学与科学基础上的宗教、大乘佛教优越于基督教等观点上存在着一致性和相通性，可以认为太虚受到了井上圆了佛学思想的影响。太虚对于井上圆了的佛教思想，既有直接的了解学习，也有间接的潜移默化，所以二者关于佛教的理论阐述呈现出相近相通的倾向。中华日本哲学会副会长吴光辉教授作了题为『世界の文化の「自覚」と「創造」——幾多郎の文化論への討究』的发表，认为西田在保护日本文化的特殊性的同时，致力于对日本文化的世界性的创造。与“以世界为媒介发展自身，形成真正的世界性的文化”这种日本文化的“自觉”相呼应，西田主张于东洋文化和西洋文化之中发现一深层根底，从中开示真正的“世界主义”立场。
学会理事刘琳琳副教授作了题为《中国传统冶金文化对日本的影响——以五行思想为中心》的发表，从金与白色和西方对应的观念、五月与丙午观念、金生水观念三个方面，考察了五行世界观引导下的金属观念对日本的金属生产活动和金属神话的情节形成的影响。会员郑琳讲师作了题为《冷战后日本综合杂志涉华报道作者阵容分析》的发表，以《世界》、《中央公论》和《文艺春秋》三本杂志为分析对象，认为这一时期综合杂志中的中国论主要是由研究现代中国的学者和记者两个群体引领。在报道倾向上，《世界》对中国持相对友好态度，力求客观、公正；《中央公论》的中国报道非常现实；《文艺春秋》则坚定地站在为日本辩护的立场，对中国的报道充满偏见和敌意。周云讲师作了题为《日本科幻动画中的“弑神情节”研究》的发表，认为日本科幻动画中涉及到人与神争斗的情节，出现的明显异于传统神话的“弑神情节”，并非可以简单套用正义战胜邪恶的逻辑。争斗只是一种形式，其实质代表了一种强烈的不认同情绪以及由此造成的激烈的思想对峙，蕴含着日本动画的精神文化取向。
6月3日下午，举办了两场特别讲座。第一场日本学特别学术讲座，由日本国际日本文化研究中心副所长刘建辉教授作了题为《西学是如何东渐的——东亚近代知识的传播与日本明治维新的成立》的讲演。第二场日本动漫文化特别讲座，由日本知名动漫导演富野由悠季先生作了题为《数据化时代的导演和作家应该面对的挑战》的讲演。两场特别讲座的成功举行为与会师生带来了精彩纷呈的文化盛宴，也宣告了此次国际研讨会顺利落下帷幕。
