2009年中华日本哲学会第四届秘书处提议学会应有一个标志性会徽，时任会长卞崇道先生委任北京理工大学设计与艺术学院的鲁明非会员和中国人民大学哲学院林美茂会员负责会徽的设计，要求会徽必须包含“哲学”、“日本哲学”、“中国的日本哲学研究”这三项基本含义。两位会员不负众望，很快拿出了几套设计方案，经过秘书处和在京核心会员们的讨论，确定了最终的设计方案，完成了下图之“中华日本哲学会会徽”的设计工作。图案设计主要由鲁明非老师担任，林美茂老师对会徽的意蕴进行了如下阐释： 中华日本哲学会会徽的图案、文字、色彩呈现了以下四个理念： 1.整体为圆形，由外向内，朝向“φ”，以“φ”为核心，外围形成圆融一体的闭环圆圈“〇”， 象征着一种和谐圆融、无主无次、一体同心的团结精神，也代表着环绕“哲学”之无始无终的探索之路。 2.会徽中心的“φ”为希腊语“φιλοσοφία”的首字母，即英文“philosophy”、汉语“哲学”的缩写。这个符号既代表“哲学”之“φ”，也如植物种子刚从泥土中冒出来的双瓣萌芽形状，此造型意味着年轻、活力、始终向上成长的状态。 3. 最外围以上下两个部分构成，是英文的Chinese和Japanese两个单词的首字母“C”、“J”的横卧“∪”与倒扣“∩”的抽象符号化造形，即无所谓谁在上、谁在下，始终面对面，相向而行，对话、合作、一起怀抱“φ”之哲学。 4.主色调之深蓝与纯白，是本学会的理念色。以深蓝色为基调色，象征着哲学探索对象的深邃、高远，同时也蕴含着学会对于年轻学者的殷切期望，相信每一代新进会员们都能够“青出于蓝而胜于蓝”，锐意进取，脱颖而出。学会名使用白色呈现，寓意学会追求以素为绚。不忘学会的学术精神之干净纯洁，要始终保持初心质素。
