2009年中华日本哲学会第四届秘书处提议学会应有一个标志性会徽，时任会长卞崇道先生委任北京理工大学设计与艺术学院的鲁明非会员和中国人民大学哲学院的林美茂会员负责会徽的设计，要求会徽必须包含哲学、日本哲学、中国的日本哲学研究这三项基本含义。两位设计者不负众望，很快拿出了几套设计方案，经过秘书处和在京核心会员们讨论，确定了最终的设计方案，完成了下图之“中华日本哲学会会徽”的设计工作。
中华日本哲学会会徽的图案、文字、色彩呈现了以下五个理念：
1.整体为圆形，由外向内，朝向“φ”，以“φ”为核心，外围形成圆融一体闭环圆圈“〇”，象征核心精神的团结、融洽、和谐。
2.会徽中心的“φ”为希腊语“φιλοσοφία”、即英文“philosophy”、汉语“哲学”的缩写。这个符号即代表“哲学”之“φ”，也如植物种子刚从泥土中冒出来的双瓣萌芽形状，此造型意味着年轻、活力、始终向上成长的状态。
3.“φ”外围的闭环圆形，象征着一种和谐、圆融、环绕“哲学”之无始无终的运动，无主无次、一体同心的团结。
4.最外围以上下两个部分构成，由英文的Chinese和Japanese两个单词的第一个字母“C”、“J”的横卧“∪”与倒扣“∩”的抽象符号化造形，无所谓谁在上、谁在下，始终面对面，相向而行，对话、合作、一起怀抱“φ”之哲学。
5.主色调之深蓝与纯白，是本学会的理念色。以深蓝色为基调色，象征着哲学探索对象的深邃、高远，同时也蕴含着学会对于年轻学者的殷切期望，相信每一代新进会员们都能够“青出于蓝而胜于蓝”，锐意进取，脱颖而出。学会名使用白色呈现，蕴含着学会追求以素为绚。不忘学会的学术精神之干净纯洁，要始终保持初心质素。